Fue fundado en 1838 por Luis de la Cruz. Debe su nombre a uno de los árboles más reconocibles de Puerto Rico. Sus habitantes son también conocidos como «Los come sopas» y la localidad como «la Ciudad del Marlin». Su principal playa es Los Machos, una playa biogénica o de arenas provenientes del arrecife de coral cercano a sus costas.

El lugar que hoy conocemos como el municipio de Ceiba fue territorio del cacicazgo de Dagüao, el audaz taíno que luchó contra los conquistadores españoles ofreciéndoles una prolongada resistencia y que detuvo la conquista y colonización de la zona oriental de la isla. El Cacique Dagüao tenía la práctica de atacar estancias españolas para evitar su propagación en la zona, junto al Cacique Jumacao, también oriundo de este sector oriental. Los múltiples hallazgos arqueológicos (cerca de 34), muchos de ellos sin estudiar aún, en la zona de las riveras de los ríos Dagüao y Río Blanco, junto a los terrenos de la Antigua Base Naval Roosevelt Roads, son testigos de la vida y cultura de esta población indígena influenciada por el Cacique Dagüao, líder de la región.

La historia de Ceiba está llena de personajes y eventos significativos que forjaron su desarrollo e idiosincrasia. El primer evento fue el logro del deslinde de los terrenos que hoy forman el Municipio de Ceiba, luego de intensa lucha con vecinos del Municipio de Fajardo en el 1837, bajo el liderato de Luis de la Cruz (1838), primer Alcalde de este municipio. Esta lucha intensa logró su propósito al oficialmente, y bajo la autorización del Gobernador Francisco J. Moreda Prieto, declarar a Ceiba en un municipio autónomo de Fajardo. El segundo evento significativo en la historia de este pueblo ocurre luego del cambio de soberanía de la isla (1898). Ceiba, sin motivos claros, vuelve a ser un barrio del Municipio de Fajardo, siendo alcalde Ángel Ramos (1896-1914). Esta situación se extiende por las primeras décadas del siglo XX, hasta que el 12 de mayo de 1914, en virtud a la Ley 9, Ceiba recupera nuevamente la autonomía municipal.

El tercer evento que deseamos destacar ocurre entre los años 1941-1943. Siendo gobernador de la isla, Rexford Tugwell (1941-1946), y alcalde de Ceiba Bernardino Pedraza (1941-1944), ocurre, en virtud de la emergencia de guerra que generó la intervención de los Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial, la expropiación de una tercera parte del territorio ceibeño por el Departamento de Defensa Federal, para establecer la Base Naval Roosevelt Roads (8,638 acres o cerca de 9,000 cuerdas). Este proceso deja sin vivienda y fuente de sustento a cientos de familia que poblaban dicha área. Esta situación generó una crisis nacional que obliga al gobierno central, a través de la recién creada Autoridad de Tierras, a obtener en el 1941, por medio de la expropiación de 400 cuerdas, los primeros terrenos dados en parcelas en Puerto Rico. Los residentes “sin tierra” de los Barrios Guayacán, Rolón, Machos, El Corcho, Cascajo, Punta Puerca, La Tea, Quebrada Seca, El Corcho, Dagüao, las islas de Piñero, Cabeza de Perro, Islote Indio, Cabras, Cabra de tierra, Cabrita, Garzas y Roloncito, que habían sido expropiados por la Marina de Guerra de los Estados Unidos, son ubicados en estos terrenos. Estas primeras parcelas son hoy el Barrio Aguas Claras de Ceiba.

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